自己資本は企業の総純資産を指し、株主資本はそのうち株主に帰属する部分を指します。自己資本には利益剰余金なども含まれますが、株主資本は主に資本金と資本剰余金で構成されます。
貸借対照表の純資産の部に表示されます。株主資本は「株主資本」として明記され、自己資本は純資産合計として表示されることが一般的です。
両方とも重要ですが、自己資本比率を計算する際には総自己資本を使用します。株主資本は主に株主への利益分配能力を見る際に注目されます。